Река, протекающая сквозь густые джунгли, несет замученного иезуитского священника, привязанного к грубо сколоченному кресту. Распятие проносится через скалистые стремнины и в один момент, полный ужаса и завораживающей красоты, обрушивается вниз с 70-метровой высоты и исчезает в рокочущем водопаде. Этой сценой открывается фильм, повествующий о последних годах существования иезуитских миссий в Южной Америке. Отец Габриэль (Джереми Айронс) с трудом добирается в заброшенные в джунглях места, где основывает новую иезуитскую миссию, добротой заслужив уважение и любовь живущих здесь индейцев-гуарани. Одна из забот священника — охрана туземцев от посягательств работорговцев и их наёмников, одним из которых является Родриго Мендоса (Роберт Де Ниро). Однако после убийства собственного брата Родриго впал в уныние. Из этого состояния его выводит отец Габриэль, который берёт бывшего наёмника в свою миссию, где тот может заслужить прощение и искупить свои грехи. Через некоторое время Родриго вступает в орден иезуитов. Тем временем правительства Испании и Португалии, не желающие мириться с процветанием иезуитских миссий в Новом Свете, оказывают давление на Римскую курию, чтобы заставить её передать индейские земли одной из двух стран. Чтобы разобраться в ситуации на месте, в Южную Америку прибывает папский посланник Альтамирано (Рэй Макэнэлли). Именно он фигурирует в фильме в качестве рассказчика, диктующего письмо Папе римскому с описанием произошедших событий.
</ p>